Wordpress.com es gratis, pero tienen que mantener el proyecto con algo... Ellos tienen una especie de plan para ganar dinero, si quieres modificar un theme, entonces tienes que pagar por ello, si mal no recuerdo es una cuota anual y no estoy seguro, pero lo que puedes modificar es el css, no recuerdo que puedas cambiar algo de código php.
Por otro lado, hay
cientos de themes en el repositorio de Wordpress.org que puedes usar en un blog en wp.com, incluso hace unos días leí que hay un par de themes de pago que son de woothemes.com... Ahora resulta que hay unos 50
http://wordpress.org/extend/themes/commercial/
Ellos no dan acceso ftp, en fin, mi recomendación es que puedes usar uno de estos cientos de themes para tu proyecto, que los hay muy buenos, y si la cosa marcha bien, pues puedes hacerte un buen theme tú mismo o comprar alguno y entonces mudar tu proyecto a un host de pago.
Saludos