Esa cifra, como ya te dije, es irrelevante. No afecta al valor del autoincrement ni a ningún otro valor, en tanto se trate de columnas de tipo TINYINT, SMALLINT, MEDIUMINT, INT, y BIGINT. Sólo son importantes en DECIMAL, REAL o FLOAT.
Este tema ya ha sido tratado en extenso en el foro, te sugiero que busques en el foro, o leas el manual al respecto:
MySQL 5.0 Reference Manual :: 11 Tipos de columna :: 11.2 Tipos numéricos, especialmente donde dice:
Cita: MySQL soporta otra extensión para especificar de forma óptima el ancho a mostrar de un tipo entero en paréntesis después de la palabra clave para el tipo (por ejemplo, INT(4)). Esta especificación opcional del ancho de muestra se usa para alinear a la izquierda la muestra de los valores con ancho menor que el ancho especificado para la columna.
El ancho de muestra no restringe el rango de valores que pueden almacenarse en la columna, sino el número de dígitos que se muestran para valores con ancho que exceda el especificado para la columna.
Cuando se usa en conjunción con el atributo de extensión opcional ZEROFILL, el relleno por defecto de espacios se remplaza por ceros. Por ejemplo, para una columna declarada como INT(5) ZEROFILL, un valor de 4 se muestra como 00004. Tenga en cuenta que si almacena valores mayores que el ancho de muestra en una columna entera, puede tener problemas cuando MySQL genera tablas temporales para algunos joins complicados, ya que en estos casos MySQL cree que los datos encajan en el ancho original de la columna.