¿Alguna forma de cerra ventanas mediante el nombre dado en vez de la instancia?

[Panino5001]

Lamentablemente no hay manera de hacer lo que querés (o mejor dicho, no se me ocurre ninguna manera). Y navigator es un objeto dependiente de window, así que tampoco es una opción. Lo que podrías hacer es cerrar todas las ventanas usando el evento onbeforeunload de la ventana principal.
Eso, o chequear desde cada ventana cada x segundos que exista y esté definida la propiedad opener. El resto de las opciones ya serían involucrando algún lenguaje de servidor.