es extraño lo que dices ya que el manual oficial de PHP indica que
mysql_query no soporta consultas multiples
Cita:
Iniciado por Manual de PHP
mysql_query() envía una única consulta (múltiples consultas no están soportadas) a la base de datos actualmente activa en el servidor asociado con el link_identifier.
aunque si lo que indicas que se modifican es cierto el
mysql_affected_rows te deberia de regresar por lo minimo 1 ya que el te regresa los registros afectados de la ultima consulta.