Gracias, al final lo resolvi con php. Deje que se guardara los datos en el textarea como tal, y en la base de datos igual.
Lo que hice es que en la consulta para que no mostrara los posibles saltos de linea manipule la variable de la siguiente forma:
Código PHP:
$descripcion=eregi_replace("(\r\n|\n|\r)", "",$row['descripcion']);
ya me di cuenta que no era problema de html exactamente, espero que sirva este apunte de ayuda a los demas.