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[ira]

Era mas facil de lo que creia al fina lo he solucionado de esta manera:
Lo dejo por si veis algun fallo y pr si le hace falta a alguien.

Código Javascript:

var myform = document.id('form');
    var envio = form.getElementById('envio');
    var validator = new Form.Validator(myform, {
        evaluateOnSubmit: false
    });
    myform.addEvent('submit', function(e) {
        if (aqui condicion requerida) {
            e.stop();
            // Salta mensaje aviso no todo ok
            return;
        }
        if (!validator.validate()) {
            e.stop();
            return;
        }
        e.stop();
        // creo un elemento que sera la transparencia negra
        var black = new Element('div', {
            style: 'display: block; width: 100%; height: 100%; background-color: #000; z-index: 666; position: absolute;'
        }).injectInside(cont);
        black.setStyles({
            opacity: 0.7
        });
        // creo el popup
        var popup = new Element('div', {
            style: 'display: block; width: 350px; height: 150px; background-color:#000000; -moz-border-radius:5px 5px 5px 5px; border:1px solid #4C4F54; z-index: 1000; position: absolute; margin: 300px 0 0 215px;'
        }).injectInside(cont);
        // aqui va el tipico loading y el mensaje
        var loading = new Element('div', {
            style: 'display: block; width: 220px; height: 20px; background:url(../img/loading.gif) no-repeat; margin: 40px auto; text-align:center; line-height:60px; color:#FFFFFF;',
            text: 'Uploading DataBase'
        }).injectInside(popup);
        
 
    this.set('send', {
       // recojo mensaje que todo ha salido bien y redirijo a otra pagina
        onComplete: function(resp) {
            loading.set('html', resp);
            document.id('container').load('xxxxx.php');
        }
    });
    //envío el formulario
    this.send();
});
 

Saludos