buenas...
puedes generar documentos *.js con php y de paso agregas el contenido deseado. luego cargas dicho documento generado como si fuera un documento normal. el siguiente enlace provee un poco mas de explicacion,
http://www.givegoodweb.com/post/71/javascript-php. tambien puedes configurar el servidor para que php procese archivos *.js. claro, esto implica un degradado en el rendimiento puesto que cada vez se solicite un archivo *.js, php tiene que revisar si tiene algun codigo php.
