No es complicado trabajar con GD, eso si, requiere un poco de tiempo.
Para leer pixeles, puedes usar las funciones
imagecolorat y
imagecolorsforindex
Un ejemplo en el
método _getcolor de está clase
Para escribir un pixel, puedes usar la función
imagesetpixel
Ahora, debes recorrer la imágen con bucles (for o while),
aquí puedes ver como usar un bucle for para crear una grilla.
Ahora, te recomiendo los tutoriales de sargento, son muy utiles
http://www.sargentoweb.com/php_gd/
Saludos.