Bien es lo que pensaba cuando le asiganas la paginacion ya no envias la variable de busqueda por eso te imprime nuevamente todos los resultados, tienes que hacer esto en todas las urls que estas construyendo:
por ejemplo en vez de esto:
Código PHP:
$paginacion .=' <div><a class="verdeQ" href="Buscador-Clientes.php?e='.$siguiente.'"><</a></div> ';
coloca esto:
Código PHP:
$paginacion .=' <div><a class="verdeQ" href="Buscador-Clientes.php?e='.$siguiente.'&empresa='.$txt.'"><</a></div> ';
una cosa mas colocale request cuando recibes la variable:
Código PHP:
$txt = $_REQUEST['empresa'];
Saludos.