Thread dentro de un TimerTask

[KLap]

@sivadmp gracias pero eso no ayudaría, porque aunque salga el cuadro de dialogo, una vez le dan a si, si el proceso de la consulta seguía en background se cierra igual.

@HackmanC no es exactamente eso. Me voy a explicar mejor.
Yo hago una consulta con un PreparedStatement a la BD1 y ya la tengo almacenada en mi ResultSet. Desde mi aplicación Java, proceso esta consulta y con un método hago otro Statement a la BD2 para ir insertando cada una de las tuplas de la primera consulta.

Si cierro la aplicación, obviamente Java se queda a mitad y no mete todas las tuplas, por lo que si tenía 100 tuplas en la BD1 y cuando estoy haciendo mediante mi app java los inserts en la BD2 cierro, me quedo con 50 tuplas en la BD2 y es lo que no quiero que pase. Obviamente si se va la luz etc. tendré que hacer algún tipo de recover comprobando lo que se metió la última vez. Pero esto lo quiero sobre todo por si el usuario va a cerrar la app, que esta espere a que se termine el proceso de inserción.