phpMyAdmin es una aplicación web, lo que quiere decir que se ejecuta en navegador. Si el sitio donde la base estará es un hosting en web, normalmente lo que te dan es acceso administrativo a una instancia de phpMyAdmin. Como problema, requiere la instalación y/o configuración de un WebServer, por o cual sin conocimientos o muy buenos tutoriales, la cosa se complica. Pero hay paquetes preensamblados muy usados, como Wamp. Éste puede bajarse completo en un solo paquete de
www.wampserver.com.
MySQL Workbench es una aplicación completa d escritorio que puede conectarse a bases locales o servidores remotos. Es la que yo preferentemente uso.
Navicat es otro aplicativo muy bueno, muy usado para desarrollo. No lo usé jamás, por lo que no puedo decir nada al respecto, pero si que es uno de los más conocidos, después del phpMyAdmin.