le agrege otra cosa para que no reaparesca el div nuevamente una vez desaparecido...
 
le cambie el visibility  
http://perr0.netii.net/exs/div_transparente/    
Código HTML:
Ver original- var porcentaje=100; 
- var totobj=0; 
- var tiempo=0; 
- function inicio(objeto){ 
-   if(tiempo>0) return false; 
-   totobj++; 
-   objeto.id="ele"+totobj; 
-   desaparecer(); 
- } 
- function desaparecer(){ 
-   obj=document.getElementById("ele"+totobj); 
-   if(obj.style.visibility!="hidden"){ 
-     porcentaje=porcentaje-2.5; 
-     obj.style.opacity=porcentaje/100; 
-     obj.style.filter="alpha(opacity="+porcentaje+")"; 
-     tiempo=setTimeout("desaparecer()",22); 
-     if(porcentaje<=-20) { 
-         obj.style.visibility="hidden"; 
-         clearTimeout(tiempo); 
-         tiempo=0; 
-         porcentaje=100; 
-         alert("ahora puede desaparecer otro"); 
-     } 
-   } 
- } 
- <div style="background-color:#004080;color:white;border:3px solid red;padding:10px;width:200px" onClick="inicio(this)">  
- <p>- Probando que funcione para dos o mas </p>
 
- <div style="background-color:#398831;color:white;border:3px solid red;padding:10px;width:200px" onClick="inicio(this)">  
- <p>- Cuando termine con uno sigue con el otro </p>
 
- <div style="background-color:#75321C;color:white;border:3px solid red;padding:10px;width:200px" onClick="inicio(this)">  
salu2