Conflicto entre archivos .js

[Rozas988]

Tengo una web hecha con divs, cabecera menus a la izquierda y a la derecha, utilizo codigo de ajax para cargar cada página en el div de la derecha.

Aparte tengo un script.js para que las fotos se agranden sobre la página(lo tipico de siguiente, atrás y cerrar en la esquina de la foto), ahora he añadiño un script .js también para hacer una cabecera con transiciones de fotos, el problema es que me dan conflicto los dos componentes, si tengo las dos cabeceras activadas no me va las transiciones y se desparraman las imagenes por toda la página, si comento la cabecera que carga imagenes en grande:

<!--<script type="text/javascript" src="js/prototype.js"></script>-->


pues las transciones de la cabecera van perfectas pero las fotos de la pagina, se abren en otra pestaña al pinchar en ellas.


<script type="text/javascript" src="jquery-1.4.2.js"></script>



A ver si alguien puede decirme algo, queria que funcionaran los dos a la vez pero no hay manera