En las nuevas versiones de excel la cantidad maxima de registros supera el millón.
Mira la sentencia INTO OUTFILE
http://www.conclase.net/mysql/curso/index.php?cap=014
Te recomiendo que la lances directamente desde el servidor y no desde phpmyadmin. Al ser esta una aplicación web puedes tener problemas con la duración del proceso.
saludos