Los motores de búsqueda leen el HTML del lado del cliente; con independencia si estás sirviendo HTML plano desde el vamos o el HTML lo generarás vía PHP. Y en resumidas cuentas, el CMS tampoco aporta; pero...
Si tus páginas tienen ya un buen posicionamiento orgánico toca respetar el template, los contenidos, los permalinks y un largo etc.
Todo cambio afectará. Pero esto será fruto de tus decisiones de como encarar la transición; nada tiene que ver—como dije antes—el CMS
