arquitectura de aplicación PHP

[html5]

Les comento el problema que tengo, que es bastante abstracto.

Soy (casi) ingeniero técnico en informática, pero nunca he programado nada web y ahora estoy haciendo mi primera aplicación/web en PHP. La sintaxis la conozco perfectamente, así como todos los conceptos de programación. Lo que no sé es cómo estructurar el código.

Tengo un fichero index.php de entrada, y ahora estoy haciendo tanto un signup.php como un signin.php. Una vez logueado me llevará de nuevo a index.php donde se cargarán los contenidos personalizados y el usuario podrá interactuar.

Mi duda principal es cómo tratar la base de datos mysql. Por ahora he hecho que los dos formularios se conecten directamente a mysql, "a pelo", pero entiendo que no es la mejor opción. Se me ha ocurrido aprovechar una clase "usuario.php" que tenga métodos que se conecten a la base de datos. No sé si es la mejor opción. Por ejemplo: ¿Cuando el usuario introduce su login + password cargo todo el usuario de la base de datos solamente para acceder a la contraseña? Porque puede tener un montón de datos que para la conexión no son necesarios (cumpleaños, mail y decenas de atributos más).

Y mi otra duda es si esta información puede alojarse en la $_SESSION, o cada vez que el usuario carga una página debo leer de la BD de nuevo la información.

Espero me puedan ayudar a organizar todo el código. Porque todo lo que leo en Internet es sobre la sintaxis en sí de PHP, pero no encuentro nada para la arquitectura y diseño global de la aplicación.

Gracias.