@unexes,
revise un poco el codigo y me he fijado en dos detalles importantes. primero que en cada archivo *.js declaras el evento onload. pero sucede que, debido a la forma en que se declara el evento, el uno sobreescribe al otro. para que esto no suceda tienes dos opciones: (a) creas una funcion donde se invoque todas las funciones que quieras iniciar en el evento onload y esta funcion sera la unica que registraras en el evento; o (b) utilizas el modelo avanzado para registrar eventos. con el modelo avanzado tienes la ventaja que puedes registrar varios handlers sin sobreescribir el resto. si interesa, busca por addEventListener/attachEvent o por ahi hay una funcion que se llama addEvent que incorpora las dos funciones antes mencionada.
el otro detalles es conflicto de variables. es decir, tienes mas de una variable con el mismo nombre, y lo que es peor aun, estan definida en el ambito global. lo que significa, que al declarar una variable sobreescribe la anterior con un nuevo valor. en este caso, tienes que crear variables locales -si estan dentro de una funcion- o no repetir los nombres.