buenas...
en lo personal, yo no encuentro mal modificar el prototipo de los constructores nativos. por un lado, fijate que la guia no es un estandar definitivo, simplemente son sugerencias de lo que se considera una
buena practica de programacion. segun la guia, dicha practica puede traer mas complicaciones al momento de depuracion. a mi modo de entender, quizas a lo que se refiere es a modificar las propiedades o metodos nativos del constructor. si es asi, en mi opinion tiene razon. mientras tanto, no le veo mal expandir las funcionalidades de los constructores nativos. por ejemplo, ¿que tal si queremos exportar algunas funciones de otros lenguajes a los constructores? por mencionar un ejemplo, las funciones de array que utiliza php. ¿que mejor lugar que agregarlo al prototipo? mi conclusion es que si sabes lo que estas haciendo, no siempre tienes que dejarte llevar por lo que las tendencias dictan. ¿verdad que no usarias un framework simplemente porque te diga que es lo mejor hay?