Hola:
No es cosa de php las confirmaciones, ya que php no interactúa con los usuarios, pero la respuesta antes de que muevan el tema es tan sencilla como poner un confirm en el tag a para su posible cancelación...
echo "<b>$usuario </b><a href='./Funciones/borrar.php?id=$id' onclick='return confirm(\'Está seguro de borrar... \')' >Eliminar</a>";
Te recomiendo que a pesar de generar datos con php, los atributos html los entrecomilles (no sé si lo hice bien)
Saludos
