El propio error te indica que estás introduciendo en la función mysql_fetch_array un array. Y es realmente así.
Fíjate que estás utilizando el "resource" del mysql_query tanto para la función mysql_fetch_array como para el array que devuelve la misma, por lo que en el segundo loop, falla.
Después de enrollarme, la solución es fácil, cambia $resultado por $datos (por ejemplo), en el while, quedaría algo así:
Código PHP:
Ver original<?php
$sql="SELECT * FROM altas WHERE altas.directorio IN (SELECT directorio FROM directorios)";
echo $datos['directorio'];
}
?>