Tendrías que poner una referencia en el checkbox para saber de que usuario es, por ejemplo:
Código PHP:
Ver originalecho '<input type="checkbox" name="asignar_cuota[]" value="'.$array_nombre_cuotas['Ncuota']."_".$array["Nusuario"].'">'.$array_nombre_cuotas["nombre_cuota"].' '.$array_nombre_cuotas["cuota"].'€<br />';
y luego obtenés el número de cuota y el id de usuario, algo así:
Código PHP:
Ver originalif(isset($_POST['asignar_cuota'])){
foreach($_POST['asignar_cuota'] as $indice => $asignado){
$asignado = $data[0];
$usuario = $data[1];
echo $consulta = 'UPDATE cuotas_usuarios SET pago_en_camino = "", modo_de_pago = "", pagado = "", fecha_de_pago = "" WHERE Ncuota = "'.$asignado.'" AND Nusuario = "'.$usuario.'"<br />';
//$resultado = mysql_query($consulta,$conexion);
}
Hay diferentes formas de hacerlo, pero te puede servir...
}