Duplicados sobre 2.300.000 registros

[gnzsoloyo]

Crea un índice sobre el campo `city`, eso puede ayudar un poco a resolver el problema.
Si no hay diferencia, hay que forzarlo a usarla.

Procura usar EXPLAIN para ver el resultado del parser:

Código MySQL:

EXPLAIN SELECT L1.country, L1.city
FROM locations L1 INNER JOIN locations L2 ON L1.city = L2.city AND L1.id <> L2.id
 

De ese modo podremos ver por dónde está fallando la consulta.