Se me ocurre que éste problema puede ocurrir a muchos usuarios y sería bueno brindar mayores detalles respecto a la solución para poder colaborarles...
Seguramente CI te interpretaba tu url /js/login.js como un controlador... Y al no existir el controlador "js", se presentaba el error 404. ¿Cierto?
En tal caso, yo lo solucionaría agregando una excepción a la carpeta "js" en el archivo .htaccess
Código:
RewriteCond $1 !^(index\.php|js)
De esta manera apache trata la carpeta "js" como una carpeta común y no como un controlador de CI.
¿Tu solución Diego ha sido algo similar?