Bueno en principio manten el enlace así
<a href="#" id="enlace"/>
una vez q selecciones la segunda opción es ahi donde tiene q cambiar el nuevo enlace, donde esta
document.getElementById("enlace").href = "enlace.php?valor=" + valor1 + "&valor1=" + valor2;
cambialo por:
document.getElementById("enlace").href = "javascript
:Abrir_ventana('enlace.php?valor=" + valor1 + "&valor1=" + valor2 + "')";}
y el recojo de los valores de esa variable sería mediante un lenguaje de lado del servidor, bueno ese ya es otro tema.
Saludos!