Consulta con dos count en la misma tabla

[quimfv]

En primer lugar si defines un alias para la subconsulta saldrá como nombre del campo

SELECT COUNT(1) Ncuota, (SELECT COUNT(2) pagado FROM cuotas_usuarios WHERE pagado = 'si' AND Ncuota = '43' AND Ngrupo = '1') as NPagado FROM cuotas_usuarios WHERE Ncuota = '43' AND Ncofradia = '1'

En segundo lugar la consulta es mejorable, pero no entiendo una cosa

WHERE pagado = 'si' AND Ncuota = '43' AND Ngrupo = '1')
WHERE Ncuota = '43' AND Ncofradia = '1'

Por un lado estas contando las cuotas 43 pagadas del ngrupo=1 y por otro las cuotas 43 de Ncofradia=1 no parece el mismo grupo.

Salvando esa diferencia

Código MySQL:

SELECT Count(*) as Cuotas43,
             SUM(IF(Pagado='Si',1,0)) as NPagado
FROM cuotas_usuarios 
WHERE  Ncuota=43
AND //Aqui debes definir el grupo lo de Ncofradia = '1' o Ngrupo = '1'
 

creo que será más eficiente.