buenas...
creo que estas bien perdido. el proceso es basicamente el siguiente:
- el navegador envia una peticion al servidor.
- el servidor acepta o rechaza la consulta dependiendo de muchos factores. si el servidor esta configurado con php -o cualquier otro lenguaje servidor- el contenido se pasa al interprete php.
- si el interprete encuentra codigo php, los analiza todos.
- php devuelve el contenido al servidor.
- el servidor devuelve el contenido al cliente y finaliza la comunicacion con el cliente.
- el cliente lo recibe y lo analiza e interpreta. si tiene javascript, tambien lo interpreta
fijate que en ninguna parte de este proceso el servidor ni php interpreta los scripts de javascript. en resumen, no puedes interpretar javascript en el servidor porque el codigo es para interpretarse en el cliente. simplemente no se puede de esa forma. si quieres obtener un dato del cliente con la ayuda de javascript, tienes que volver a enviar una peticion al servidor con esa informacion. ya sea mediante ajax o por parametros en la url.