Otra opción, un servidor genera un csv, lo comprime en zip y lo coloca en una carpeta accesible para descarga, ejemplo:
http://misitio.com/carpeta/csv.zip
2 el servidor que lee hace un $info=file_get_contents("http://misitio.com/carpeta/csv.zip"); lo guarda a un archivo, lo descomprime y lo sube a la bd. Esto programado en una tarea, ya sea de windows o un cronjob de linux.
O bien, en el servidor receptor creas una carpeta ftp, el servidor emisor enviará el csv por ftp al servidor receptor.