Bueno, ya logre hacer que funcionara. La razon exacta no la se, pero al parecer las lineas 5 y 6 eran el problema por que las detectaba como similares, el codigo quedo así.
Código:
Options +FollowSymLinks
RewriteEngine on
RewriteBase /tienda
Rewriterule ^(.*)/$ index.php?idtienda=$1 [L]
Rewriterule ^(.*)/busqueda/(.*)$ index.php?idtienda=$1&busqueda=$2 [L]
Rewriterule ^(.*)/busqueda_(.+)/(.+)$ index.php?idtienda=$1&busqueda=$3&seccion=$2 [L]
la verdad es que las [L] no son necesarias, pero por ahora no necesito mas instrucciones. Estuve buscando más información pero no encontré mucha, si alguien conoce algún buen manual sobre Rewriterule le agradecería me dijera el nombre. saludos.