Archivos php

[ocp001a]

Ese código está contando el numero de archivos en un directorio. Pero también toma en cuenta los enlaces al directorio superior, es decir el ./ y el ../
Si sólo vas a sumar y no va a haber subcarpetas, resta 2.

O bien antes de sumar, verifica que el archivo no es un directorio con
if (!is_dir($item))
$contador++;