Hola Rick, bueno ibatis esta orientado al desarrollo de pagina web, pero si se puede configurar ibatis dentro swing, para ello tienes que crear un archivo xml donde dicho archivo tiene que ser leido desde nuestra aplicacion swing, un ejemplo completo lo puedes encontrar en
http://mpdeveloper.blogspot.com/2011/02/swing-e-ibatis-framework.html
espero haberte ayudado