buuuu era un error muy tonto jajajaj
[^\.] es cualquier carácter, pero sólo uno, por tanto necesito agregarle + (1 o más carácteres), quedando así:
Código Apache:
Ver originalRewriteCond %{HTTP_HOST} ^([^\.]+\.[^\.]+)$
RewriteRule ^(.*)$ http://www.%1/$1 [R=301,L]
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^([^\.]+\.(com|org|gob|edu|net)\.[^\.]+)$ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ http://www.%1/$1 [R=301,L]
Saludos :)