buenas...
si te refieres a un string literal en el script, no creo que tengas muchas opciones para usar un string formateado y no manipularlo. tratar las comillas es obligatorio segun el juego de comillas que estes utilizando. trata de adoptar costumbres que te facilite ese trabajo. por ejemplo, los atributos de html siempre definelos con una comilla especifica. luego en javascript utilizas otra comilla para delimitar el string.
en relacion a los espacios no debes tener problema. donde si puedes tener problema es en los saltos de linea. sin embargo, hay una forma de como admitir saltos de linea en el string. solo tienes que agregar al final de cada linea una barra invertida.
Código:
// string delimintado con comilla simple ;
// y atributos con comilla doble ;
var variable = '<input type="button" value="un valor" />\
<input type="text" title="nombre" name="username" />\
<select name="edad">\
<option value="media">18-40</option>\
<option value="avanzada">41-80</option>\
</select>';
si el contenido tiene disparidad en las comillas, tendras que manipularlo primero. utiliza un editor para este fin.