si no me equivoco, la etiqueta <fb:comments> puede llegar un argumento url="" que es el que hace que los comentarios se diferencien según la página en la que implementes la caja de comentarios... es decir, en tu home sería url="http://misitio.com" y en otra página sería url="http://misitio.com/pagina.html"
espero que con eso te funcione
