Si seleccionan el checkbox, $_POST['puntos'] tendria valor, seria != "" o !empty()
Código PHP:
$boolPuntos = (!empty($_POST['puntos'])) ? 50 : 0;
Y luego en el insert pones como value $boolPuntos, que dependiendo de $_POST['puntos'] valdra 0 o 50.
Espero que te sirva.