Tu htaccess deberia ser asi
Código .htaccess:
Ver originalOptions +FollowSymLinks
Options -Indexes
DirectoryIndex index.php
RewriteEngine on
RewriteCond $1 !^(index\.php|panel_de_control|robots\.txt|favicon\.ico) <<<aca escapa las carpetas o archivos.
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ index.php?/$1 [L,QSA]
Saludos.