con un
for Código PHP:
$total=count($apagado);
for($i=0;$i<$total;$i++){
$consulta = 'UPDATE cuotas_usuarios SET pago_en_camino = "", modo_de_pago = "'.$modo_de_pago[$i].'" pagado = "si", fecha_de_pago = "'.$fecha_de_pago.'" WHERE Ncuota = "'.$pagado[$i].'" AND Nusuario = "'.$_POST['Nusuario'].'"'.'<br />';
$resultado = mysql_query($consulta,$conexion);
}
el for se aumenta hasta que recorre todo el areglo, esi si los dos tienen que tener la misma cantidad de datos.