Pues si no los tienes en tu servidor donde ejecutas PHP .. usa .htaccess en el directorio del servidor que haces referencia ..
Y si eso no te es posible ... como no subas los archivos a un FTP y los accededas via FTP desde PHP .. creo q toda técnica de "ocultar" esa ruta sería poco efectiva...
De todas formas.. si tu servidor (donde corres PHP) te permite abrir direcciones externas via fread() o fopen() .. podrías usar la técnica que te plantearon que usa cabeceras (header) HTTP ... Haz una prueba indicando el nombre del archivo con ruta URL completo:
http://www.talsitiofueradelmio.com/archivos/archivo.tal
Un saludo,