Hola:
Cuando generas un fichero de texto, da igual con qué herramienta o en qué sistema operativo o en qué país, lo haces con una codificación determinada. Para que con otra herramienta, en otro país o sistema operativo se lea correctamente, debe abrirse usando la misma codificación que se ha usado para crearlo, si no, siempre se verá mal.
El juego de caracteres unicode está pensado para eso precisamente. Lo mejor es que configures eclipse para que genere el fichero en unicode
http://paranoid-engineering.blogspot...n-eclipse.html , pero el que lo abra (en unix u otro país o con otra herramienta), deberá abrirlo con unicode o no lo verá bien.
¿por qué unicode?, porque es el estándar para multilenguaje y lo soportan casi todos los sistemas operativos modernos y editores modernos. Si usas por ejemplo una codificación de caracteres española (por ejemplo, ISO-8859-1), es posible que en otro país no tengan siquiera instalado ese juego de caracteres y no puedan abrir el documento correctamente.
Se bueno.