El programa que te recomendé está orientado a crear dvd`s y agregar todas las pistas de subtítulos que quieras, pero me parece que no te deja convertir a avi. Si ya conseguiste tenerlo en.mov lo que puedes hacer es utilizar Final Cut y desde la opción ussing quicktime conversion convertirlo a avi. Luego hay un programa gratuito que se llama MPEG Streamclip que te deja convertir a avi, yo lo uso bastante, te lo puedes descargar desde esta url:
http://www.squared5.com/
saludos