El script del layout esta en "application\layouts\scripts" con nombre layout.phtml?
En el archivo de configuracion tienes configurado la ruta y el nombre del layout?
Habilitaste el layout con zf enable layout desde la consola.
Tu archivo de configuracion deberia tener estas lineas
Código Apache:
Ver originalresources.layout.layoutPath = APPLICATION_PATH "/layouts/scripts/"
resources.layout.layout = "layout"
Saludos