Pos va ser que tiene que ser php y la otra cosa es que ya me recoge
Poniendolo de esta manera como me indicais.
<li><a href="SUPERUSUARIO/panelEmpresa/index.php?nivel=<?php echo $nivel;?>&usuario=<?php echo $usuario;?>" class="izda">EMPRESAS</a></li>
Gracias a todos, por la respuesta y la enorme rapidez.