Compa respecto a cerrar las conecciones por mi parte siempre las realizo por un motivo de "seguridad", si ahi funciones que no utilizaras creo que
si se demoraria mas encargar el sitio, pero seria mejor separar funciones, por ejemplo crear un PHP con funciones como tradicionales, y otro con funciones mas especificas , asi podrias seleccionar cual include utilizar en tu pagina, espero que te sirva mi respuesta