tu error esta aqui
domanion en tu boton, pues no le asignas un nombre al control :
Código vb.net:
Ver originalDim btn As New MiBoton
btn.Name = "botonX" '<-- TE FALTA ESTO
btn.BackColor = Color.Black
btn.Width = 50
btn.Height = 50
btn.Location = New Point(x, y)
btn.Text = j.ToString + " " + i.ToString
'Y AQUI TIENES QUE LLAMARLO POR EL NOMBRE QUE SE LE ASIGNA
'AL BOTON
'AddHandler btn.Click, AddressOf clicboton
AddHandler this.Controls("botonX").Click, AddressOf clicboton
Me.Panel1.Controls.Add(botones(j, i))
Espero te haya servido. Saludos!