cuando crees una variable con un elemento jquery es recomendable poner var
var miSubida = $("#archivo1").val();
porque en algunos navegadores se cuelga.
tu problema va porque el id es unico entonces si tienes el mismo id para varios input no funciona, lo que podrias hacer es usar $('input[name^=nombre_del_campo]') y eso metrelo dentro de un for que cuente la cantidad de elementos con el mismo nombre y eso lo haces con .each
algo asi
Código HTML:
<input type='file' id='archivo1' name='archivo1'>
<!-- Si tienes varios inputs-->
<input type='file' name='archivo1[]'>
<script>
$('input[name^=archivo1]').each(function(key,value){
alert($(value).val());
})
</script> espero te sirva, Saludos.