Como Puedo Proteger la direcciones de los archivos?

[Argintxe]

Si envias las siguientes cabeceras en tu script descargar.php deberia funcionar:

header("Content-Type: application/download\n");
header("Content-Disposition: attachment; filename=$file");

Donde la variable $file contiene el fichero a descargar, cuya ubicación lo has obtenido de la base de datos.