Hola, lo de que va en el js deberías investigarlo vos mismo, como decía un viejo forero "yo te puedo enseñar a pesar, pero el pescado lo sacas vos", te dejo un link para que leas y veas que opción puedes usar en el js:
http://api.jquery.com/category/ajax/
En cuanto a tus preguntas:
1- no es ni malo ni bueno, todo depende de como programes vos, si usas algo modular o en MVC lo mejor seria como te dije tener las tablas en archivos separados y cargarlas con el evento.
2- Si eso lo manejas vos como queres devolver los datos.
3- A la larga siempre vas a terminar usando al menos un include en tus sistemas.
Salu2