Acabo de leer en un blog una posible respuesta lógica, parece ser que si pones el código enteramente en el head funciona; pero que si lo quieres poner en el body la parte de inicialización de varialbes han de estar puestas en el <head>; os pongo el link donde he encontrado la información:
[URL="http://www.miguel-valero.es/seo-adictos-24h/10-02-2011/codigo-de-seguimiento-de-google-analytics-a-fondo/"]http://www.miguel-valero.es/seo-adictos-24h/10-02-2011/codigo-de-seguimiento-de-google-analytics-a-fondo/[/URL]
Voy a hacer la prueba y os posteo el resultado, a ver si definitivamente se soluciona ya!!