Supongo podrías hacer dos tablas que se relacionen entre sí mediante el id del alumno...
Por ejemplo, la primera tabla la llamarías alumnos y contendría el id, nombre, carrera, etc., la segunda asignaturas, la cual contendría: id_alumno, español, matematicas, etc.
Código PHP:
<?php
$conn = mysql_connect("localhost", "usuario", "contraseña");
mysql_select_db("ejemplo", $conn);
$queryAl = mysql_query("SELECT id FROM alumnos LIMIT 1");
$row = mysql_fetch_array($query);
$alID = $row['id'];
$queryAs = mysql_query (SELECT * FROM asignaturas WHERE id_alumno='".$alID."');
Más o menos esa sería la referencia para ambas tablas, espero haberme explicado. Si no, acá estamos para ayudarte.
P.D. Hay otra forma de hacerlo con SQL más interectivo. Búscate la funcion JOIN y te ahorras líneas de código.
P.D. Trata de limpiar cada valor que debas ingresar a la base de datos, busca en [URL="http://php.net"]http://php.net[/URL] los Sanitized Filters o create una función que lo haga.
¡Saludos!