De toda la docu, lo más importante para comenzar son las
Template Tags y las
Function Reference, te van a ayudar muchísimo, te lo aseguro...
En cuanto a la creación de themes, lo que estoy haciendo últimamente es usar TwentyTen como framework, basándome en que es la plantilla que viene por defecto desde Wordpress 3.x, y en mi opinión está muy buena para tal fin.
Saludos