http://es.wikipedia.org/wiki/JavaServer_Pages Cita: JSP puede considerarse como una manera alternativa, y simplificada, de construir servlets. Es por ello que una página JSP puede hacer todo lo que un servlet puede hacer, y viceversa. Cada versión de la especificación de JSP está fuertemente vinculada a una versión en particular de la especificación de servlets.
Funcionan igual, sólo que si tu código tiene cuatro líneas, lo cómodo es meterlo en una JSP, pero si es más complicado lo ideal es usar servlets, siguiendo la lógica MVC.
Piensa que un HTML/JSP pertenece a la capa vista, y que cada vez que quieras cambiar algo de los estilos de la web, tendrás que buscar en medio de un montón de código que no tiene nada que ver, existinedo siempre la posibilidad de que estropees parte del codigo de la lógica de negocio, que es lo realmente importante.